Beberapa penyakit yang menyerang tanaman buah melon sebagai berikut :
1. Busuk buah,
Busuk buah disebabkan oleh Phytoptora nicotianae B. De haan var parastica (Dast).Serangan di batang ditandai dengan bercak cokelat kebasahan yang memanjang. Serangan yang serius dapat menyebabkan tanaman mati layu. Daun yang terserang seperti tersiram air panas . Serangan buah ditandai dengan bercak kebasahan yang menjadi coklat kehitaman dan lunak. Makin lama bercak mengerut dan mengendap. Buah yang busuk diselimuti kumpulan cendawan putih. Pengendalian dilakukan dengan memangkas daun atau cabang yang berlebihan untuk mengurangi kelembaban di sekitar tanah, merotasi tanaman dengan tanaman yang tidak sefamili dengan melon, serta mencabut dan membakar tanaman yang terserang.

2. Antraknosa,
Antraknosa disebabkan Colletotrichum lagenarium (pass) Ell.Et Halst. Daun, batang muda, bunga dan buah yang terserang memiliki bercak-bercak berwarna cokleat kelabu hingga kehitaman. Bercak tersebut sedikit demi sedikit melekuk dan bersatu. Jaringan tanaman yang terdapat di bawah bercakpun membusuk. Pengendalian penyakit dilakukan dengan mengatur jarak tanam yang tepat (45 x 60 cm, 50 x60 cm, atau 60 x 70 cm), merendam benih dengan fungisida berbahan aktif azoksisitrobin 250 g/l atau propineb 70 % dan membersihkan bagian-bagian tanaman yang mati.

3. Embun Bulu ,
Embun bulu disebabkan oleh Psuedoperonospora cubensis barkeley et Curtis. Gejala serangannya dimulai dengan adanya bercak-bercak berwarna kuning muda yang dibatasi oleh urat-urat daun sehingga terkesan menjadi bercak bersudut. Semakin lama bercak berubah warna menjadi kecokelatan. Jika daun dibalik, terlihat kumpulan cendawan berwarna kelabu. Pengendalian dengan memilih lokasi penanaman yang jauh dengan tanaman yang sefamili dengan melon. Memangkas dan membakar daun yang terserang. Cara lain, semprotkan fungisida berbahan aktif simoksanil atau mancozeb.